Program Studi (Prodi) Magister Akuntansi Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB) Universitas Syiah Kuala Unsyiah) didirikan berdasarkan surat izin yang dikeluarkan oleh Dirjen Dikti Depdiknas No. 1738/D/T/2002 Tanggal 15 Agustus 2002. Izin penyelenggaraan ini telah diperpanjang dengan Surat Keputusan (SK) Dirjen Dikti Depdiknas No. 4363/D/T/2006 tanggal 27 November 2006, selanjutnya diperpanjang lagi dengan No. 2462/D/T/K-N/2009, tanggal 12 Juni 2009 dan terakhir diperpanjang lagi dengan No. 13292/D/T/2012, tanggal 17 Oktober 2012. Setelah itu, izin perpanjangan prodi dilakukan melalui akreditasi dan Prodi Magister Akuntansi melalui BAN PT telah mendapatkan nilai B dengan No. 290/SK/BAN-PT/Akred/M/VIII/2014 tanggal 23 Agustus 2014. Prodi Magister Akuntansi ini merupakan Prodi S2 ketiga yang telah dibuka di lingkungan FEB Unsyiah setelah Prodi Magister Studi Pembangunan dan Prodi Magister Manajemen.
Prodi Magister Akuntansi berada di bawah FEB Unsyiah. Organisasi dan Tata Kerja prodi pertama sekali ditetapkan berdasarkan SK Rektor Unsyiah No. 345 Tahun 2002. Sejarah tentang Pengangkatan Ketua, Wakil Ketua, dan Sekretaris Prodi Magister Akuntansi di awal berdirinya ditetapkan dengan SK Rektor Unsyiah. Surat Keputusan (SK) tersebut menetapkan Dr. Islahuddin, M.Ec. sebagai Ketua Prodi; Drs. Basri Zein, M.Si., Ak. sebagai Wakil Ketua; dan Fazli Syam BZ, S.E., M.Si., Ak. sebagai Sekretaris. Selanjutnya staf Prodi diangkat dengan SK Rektor Unsyiah No. 020 Tahun 2003 untuk Staf Administrasi Akademik dan Pembantu Umum, dan SK Rektor Unsyiah No. 467 Tahun 2002 untuk mengangkat Pemegang Uang Muka Kas (PUMK).
Sebelum tanggal 1 Desember 2016, Prodi Magister Akuntansi di bawah Program Pascasarjana Universitas Syiah Kuala. Seiring dengan berjalannya waktu, maka pada tanggal 01 Desember 2016, pengelolaan Prodi Masgiter Akuntansi di bawah FEB Unsyiah, berdasarkan SK Rektor Universitas Syiah Kuala N0. 12 Tahun 2016, sehingga segala aturan dan kebijakan mengikuti peraturan yang berlaku di FEB Unsyiah. Pada Tanggal 01 Agustus 2017 Dr. Muhammad Arfan, S.E., M.Si., Ak. CA ditetapkan sebagai Ketua Prodi Magister Akuntansi FEB Unsyiah yang didasarkan SK Rektor No. 1323/UN11/KPT/2017